Микола Іванович Пирогов народився 13 (25) листопада 1810 року в Москві і став тринадцятою дитиною в сім’ї дрібного службовця. Його дід Іван Михейович, виходець із селян-кріпаків, був солдатом армії Петра І.
Дитинство його припало на період піднесення народного патріотизму, викликаного перемогою над Наполеоном у Вітчизняній війні 1812 року. Після розгрому французької ходи армії в Росії вийшов збірник карикатур „Подарунки дітям на спомин 1812 року”. Перші літери підписів до них складали алфавіт.
Спогадами про своє дитинство М.І. Пирогов ділиться з читачами в „Щоденнику старого лікаря...”: „... я навчився російської грамоти майже самотужки, коли мені було шість років, і я добре пам’ятаю, що вчився саме за карикатурами, виданими у вигляді карток в алфавітному порядку”.
У вересні 1824 року в канцелярію Московського університету подано прохання, в якому 14-річний Микола Пирогов просить допустити його після належного іспиту до слухання професорських лекцій і зарахувати до числа своєкоштних студентів медичного відділення. Екзаменатори визнали його здатним до слухання професорських лекцій в званні студента.
М.І. Пирогов любив відвідувати студентський гуртожиток, де збиралась вільнодумна молодь, розповсюджувались заборонені вірші та інші літературні твори. Тут читали поему „Сашка” О.І.Полєжаєва, одну „Вольність” О.С. Пушкіна, „До тимчасового провителя” К.Ф. Рилєєва.
За роки навчання Микола Іванович увібрав все краще, що могла йому дати російська і західноєвропейська наука. Його ідейними вчителями були М.В. Ломоносов, С.Г. Зибелін, І.Є. Дядьківський, прогресивні мислителі Заходу- Жан-Жак Руссо, Вольтер, Франсуа Мажанді.
Після закінчення Московського університету вісімнадцятилітній Пирогов витримує екзамен у професорів І.Ф. Буша і Д.М. Велланського з Петербурзької медико-хірургічної академії та їде для подальшого навчання у місто Дерпт (нині – Тарту в Естонії), у щойно відкритий там при університеті інститут підготовки професорської діяльності.
Своєю спеціальністю М.І. Пирогов обрав хірургію. Його керівником став один з кращих викладачів інституту , професор теоретичної і практичної хірургії, учасник Вітчизняної війни 1812 року І.П.Мойєр (1786-1856) – уважний і відмінний наставник, людина високої культури.
Одночасно з М.І.Пироговим у Дерптському університеті навчались такі відомі діячі російської культури, як лексикограф і етнограф, автор чотиритомного „Тлумачного словника” В.Даль, поети В.Соллогуб і М.Язиков, вірменський письменник Естонії Фрідріх Рейнольд Крейцвальд та інші.
У Дерпті молодий вчений працює над найактуальнішими питаннями,, які стосувалися обраної ним спеціальності – хірургії. Тут започатковано те, що в майбутньому стане головною заслугою М.І.Пирогова в цій галузі: практичний зв’язок анатомії та фізіології з хірургією. Він відкрив природничо-ноаукові основи хірургії: нормальну і паталогічну анатомію й фізіологічний дослід.
Уже через рік медичний факультет Дерптського університету присудив Пирогову золоту медаль за дослідження з проблем перев’язування артерій.
Після захисту дисертації М.І. Пирогов виїздить до Німеччини. Тут він працює в клініках і лабораторіях відомих вчених, удосконалює свої знання і досвід.
В 1835 році М.І. Пирогов повертається на батьківщину.
На початку 1841 року М.І.Пирогов був обраний професором заснованої ним кафедри госпітальної хірургії і паталогічної анатомії Петербурзької Медико-хірургічної академії.
М.І.Пирогов з властивою йому енергією, крім суто лікарської діяльності, невтомно займається вдосконаленням організації медичної служби. На кафедрі вчений обладнує операційну, відкриває нові палати для хворих. Нововведення М.І. Пирогова мали велике значення не лише для розвитку госпітальної справи в Медико-хірургічній академії, але й для всієї країни. Він вперше звернув увагу на роботу стаціонарів і медичного персоналу, порядок госпіталізації хворих, вказав шляхи переведення лікарняного будівництва на наукову основу.
В 1844 році М.І. Пирогов і петербурзькі професори К.М.Бер і К.К.Зейдліц розробили проект створення при академії Анатомічного інституту.
1847 рік став знаменною віхою не лише в біографії вченого, але й в історії світової медицини. В цьому році Пирогов, перебуваючи в польовому госпіталі на Кавказі, вперше в світі застосував ефір, як знеболювальний засіб при хірургічних операціях на полі бою.
1852 року М.І.Пирогов уперше в світовій практиці здійснив нову операцію – подовження кісток гомілки при хірургічному видаленні стопи.
В 1856 році М.І.Пирогов був призначений попечителем Одеського навчального округу. Пирогов вважав також за необхідне створити університетський центр на півдні України. З його ініціативи такий університет у 1865 року відкрито в Одесі.
Прогресивні погляди попечителя викликали незадоволення запеклих реакціонерів генерал-губернатора Строга нова і херсонського предводителя дворянства Касимова. В донесенні царю вони звинувачували М.І.Пирогова в підриві авторитету місцевої влади. Микола Іванович вимушений був залишити Одесу. У червні 1858 року його переводять на таку ж посаду до Києва.
Незалежна поведінка, прямий і різкий характер Пирогова, який користувався симпатією прогресивної професури, учителів і студентів, призвели до конфлікту з генерал-губернатором і його прислужниками.
У жовтні 1860 року І.І. Васильчиков порушив питання про звільнення М.І.Пирогова і доповів у Петербург, що його не можна залишати попечителем Київського навчального округу, бо це загрожує небезпекою „згубних наслідків” для країни. 13 березня 1861 року Олександр ІІ підписав відставку М.І.Пирогова.
1861 року М.І. Пирогов з дружиною Олександрою Антонівною і синами Миколою та Володимиром відправився з Києва під Вінницю у придбану садибу Вишня.
Навесні 1881 року до Вишні приїхав професор хірургії Московського університету М.В. Скліфосовський. Він запросив Миколу Івновича до Москви на урочистості, присвячені 50-річчю його лікарської, наукової та громадської діяльності.
20 травня 1881 року М.І.Пирогов виїхав з Вишні до Москви. Громадськість Вінниці від імені 18-тисячного населення міста тепло проводжала знаменитого хірурга на ювілейні урочистості, піднесла йому розкішний альбом і адрес, де зазначалось про благодійний вплив на подільський край діяльності Миколи Івановича. В адресі вказувалось, що ім’я ювіляра буде присвоєно на проектованій прогімназії, почесним попечителем якої був обраний Пирогов.
На жаль, ювілей був затьмарений хворобою вченого. На початку 1881 року у М.І. Пирогова на слизовій оболонці твердого піднебіння утворилася виразка, що не загоювалась. Відомі вітчизняні лікарі – професор Московського університету М.В. Скліфосовський, професор хірургії Харківського університету В.С. Грубе і професор Едуард фон Валь із Дерпта – встановили злоякісний характер виразки і запропонували негайну операцію.
Однак, порадившись з родиною, Пирогов вирішив їхати у Відень до хірурга Т.Більрота. Біль рот, оглянувши М.І.Пирогова, дійшов висновку що оперативне втручання вже запізно, і щоб заспокоїти хворого, сказав що виразка доброякісна.
М.І.Пирогов повернувся до себе в садибу. Літо 1881 року він провів в Одесі на лимані, але здоров’я не поліпшувалось. Життя Пирогова поступово згасало. За 26 днів до смерті він встановив діагноз своєї хвороби: „Ні Скліфосовський, Валь і Грубе, ні Біль рот не розпізнали у мене повзучу ракову виразку слизової оболонки рота. Інакше перші три не порадили б операцію, а другий не визнав би хворобу доброякісною”.